Malgré son avantage fiscal et financier, une mutuelle d’entreprise présente également quelques inconvénients principalement liés au caractère obligatoire de ce dispositif.

Le financement de cette complémentaire collective par les employeurs est une nouvelle contrainte financière pour les entreprises. Cela augmente le coût d’un salarié. par conséquent certaines sociétés optent pour un contrat de groupe présentant uniquement des garanties minimales qui ne seront pas toujours aussi avantageuses que les mutuelles individuelles dont bénéficiaient certains employés avant l'instauration de ce dispositif.

L'obligation d'adhésion à la mutuelle d’entreprise peut être un inconvénient pour certains salariés, notamment si l’acte juridique ayant mis en place ce dispositif au sein de la société ne rapporte aucun cas de dispense. Dans certains cas, la mutuelle proposée va se retrouver effectivement moins avantageuse pour le salarié qui bénéficiait jusque-là d’une complémentaire santé individuelle avec des garanties satisfaisantes.